مأموريت دبيرخانه شورای عالی:

زمينه‌سازی جهت مديريت كلان، جامع و پويای شورای عالی بر امور حوزه علميه خراسان

راهبردهای تحقق مأموريت:

۱. حفظ و ارتقاء جايگاه شورای عالی حوزه در سیاست‌گذاری‌ها و برنامه‌ریزی‌های کلان؛

۲. فراهم‌ نمودن مشارکت نخبگان حوزه در قالب شورا‌های علمی، کمیسیون‌ها، کارگروه‌های تخصصی و ...؛

۳. عملياتي شدن امور اجرايی شورای عالی به بهترين شكل ممكن؛

۴. نظارت وارزیابی اجرای صحیح تمام مصوبات شورای عالی.