مطابق با اساسنامه شورای عالی حوزه علمیه خراسان، وظايف و اختيارات شورا از اين قرار است :
۱ـ تهيه و تدوين سند راهبردي حوزه علميه خراسان؛
۲ـ سیاست‌گذاری جهت جذب افراد شایسته برای تحصیل در حوزه و چگونگی پذیرش آن‌ها؛
۳ـ سیاست‌گذاری برای ارتقاي سطح معنويات، اخلاق و تهذيب نفس؛
۴ـ سیاست‌گذاری و تصویب برنامه‌های کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدتِ کاربردی و علمی؛
۵ـ سیاست‌گذاری برای استفادۀ درست از طلاب و فضلا حین تحصیل و بعد از فراغت؛
۶ـ سیاست‌گذاری به‌منظور جلوگيري از نفوذ اجانب و حفاظت حوزويان از وابستگي به جريانات منحرف؛
۷ـ سیاست‌گذاری و برنامه‌ریزی مناسب جهت ارتقای سطح پژوهش و گسترش آن در حوزه و حمایت از آثار پژوهشی؛
۸ـ سیاست‌گذاری درجهتِ تأمین شهریۀ طلاب و اتخاذ تصمیم لازم دربارۀ ساماندهی نظام پرداخت‌ها در حوزه؛
۹ـ سیاست‌گذاری نسبت به تأمین هزینه‌های موردنیازِ مدارس حوزۀ علمیه خراسان؛
۱۰ـ سیاست‌گذاری جهت جذب وقف و احیای موقوفات حوزه؛
۱۱ـ سیاست‌گذاری جهت برقراري ارتباط با سایر مراكز علمي و فرهنگيِ داخل و خارج كشور؛
۱۲ـ سياست‌گذاري درجهتِ تأسیس، بازسازي، نوسازي و گسترش اماكن حوزوي با كاربري‌هاي مختلفِ موردنياز آموزشی، پژوهشی، فرهنگي، تربيتي، مسكوني، اداري و...؛
۱۳ـ سياست‌گذاري درجهتِ تبیین جایگاه حوزه در افکار عمومی و مراکز علمی و فرهنگی؛
۱۴ـ برنامه‌ریزی جهت ارائۀ خدمات رفاهي ـ معيشتيِ شایسته به حوزويان؛
۱۵ـ برنامه‌ريزي جهت ايجاد هماهنگي و پشتيباني مراكز آموزشيِ وابسته به حوزه؛
۱۶ـ برنامه‌ريزي جهت گسترش و ایجاد رشته‌هاي تخصصي موردنیاز؛
۱۷ـ برنامه‌ریزی در جهتِ گسترش مشاركت‌هاي حمايتي و مالي مردم، نهادها و دستگاه‌هاي دولتي براي گسترش فعاليت‌هاي حوزوي در بخش‌هاي مختلف؛
۱۸ـ برنامه‌ریزی جهت تأمين مسكن طلاب؛
۱۹ـ تهیه و تصویب برنامه‌های مناسب و راهکارهای اجرایی آن در راستای تحقق اهداف؛
۲۰ـ اتخاذ موضع مناسب در خصوصِ حوادث مرتبط با حوزۀ علمیه و در شأن حوزه با رأی دوسوم اعضا؛
۲۱ـ تصویب رشته‌های تخصصی و برنامه‌های آموزشیِ پیشنهادشده ازسوی مراکز تخصصی؛
۲۲ـ تهیه و تصویب آیين‌نامه‌های آموزشی، فرهنگی، انضباطی، مالی و...؛
۲۳ـ تهیه و تصويب طرح‌هاي مناسب جهت تأسيس و گسترش منابع ماليِ مستقل براي حوزه؛
۲۴ـ تصويب اساسنامۀ مراكز آموزشي، پژوهشي، تبليغي، پرورشي، خدماتي و ديگر مؤسسات وابسته به حوزه؛
۲۵ـ تصویب تأسیس یا انحلال مراكز وابسته به حوزه؛
۲۶ـ تصویب ساختار تشكيلاتي، سازماني و اداري شورا، دبیرخانه و مرکز، متناسب با مأموريت‌ها، نيازها و اولويت‌هاي اجرايي؛
۲۷ـ تصویب پیشنهاد دبیر در خصوصِ تعداد کمیسیون‌ها و اعضای آن‌ها؛
۲۸ـ حسابرسي مالي در تمام امور حوزه؛
۲۹ـ بازرسي در تمام امور حوزه و نظارت بر حسن اجرای برنامه‌های مصوب و آیین‌نامه‌های مربوط و ارزیابی نتایج آن‌ها؛
۳۰ـ پاسداري از استقلال حوزه علميه خراسان در جميع جهات بر اساس رهنمودهاي حضرت امامر‌حمت‌الله‌عليه و مقام معظم رهبري‌حفظه‌الله؛
۳۱ـ تفسير مفاد اساسنامه و مصوبات شوراي عالي در صورت بروز اختلاف.
