شورا، عالی‌ترين نهاد تصميم‌گيری در حوزه و دارای اركان زير است که ازسوی مقام معظم رهبری‌مدظلّه‌العالی منصوب می‌شوند:

۱. اعضای شورا؛

آیت‌الله سید حسن مرتضوی، آیت‌الله رجبعلی رضازاده، آیت‌الله مهدی مروارید، نماینده ولی فقیه در استان خراسان رضوی، تولیت آستان قدس رضوی، حجت‌الاسلام‌والمسلمین محمد باقر فرزانه، حجت‌الاسلام‌والمسلمین سید مصباح عاملی

۲. دبیر شورا؛

حجت‌الاسلام‌والمسلمین محمد باقر فرزانه

۳. مدیر حوزه.

حجت‌الاسلام‌والمسلمین سید مصباح عاملی