وظایف دبیرخانه شورای عالی حوزه علمیه خراسان به شرح زیر است:

۱. پيشنهاد اهداف و سياست‌هاي كلان حوزه‌علميه خراسان جهت ارائه به شورا؛

۲. تهيه و تنظيم اسناد راهبردي حوزه علميه جهت ارائه به شورا؛

۳. تهيه و تنظيم نظام‌های جامع حوزه علميه خراسان؛

۴. انجام فعاليت‌هاي حوزه‌پژوهي و مطالعات راهبردي مورد نياز؛

۵. رصد مشكلات و بحران‌هاي پيشِ روي حوزه علميه و ارائه راهِ‌حل‌هاي مناسب با همكاري مراجع ذيربط؛

۶. پيشنهاد بهبود و ارتقاء آئين‌نامه‌ها؛

۷. مطالعه و زمينه‌سازي براي ايجاد و تعميق همكاري‌هاي شورا با نهادها و موسسات حوزوي و غيرحوزوي در داخل و خارج از كشور؛

۸. مديريت انجام امور روابط‌عمومي وبين‌الملل شورا بر اساس آئين‌نامه مصوب؛

۹۰. تقويت ارتباط شوراي عالي با مراجع عظام تقليد^{دامت‌بركاتهم}؛

۱۰. فراهم‌آوردن زمينۀ مشاركت هرچه بيشتر طلاب، روحانيون و صاحب‌نظران در تحقق وظايف شورا؛

۱۱. مديريت اسناد و مدارك شورا؛

۱۲. پيگيري تأمين اعتبار، تخصيص بودجه و نظارت بر هزينه‌كرد آن در مراكز ذيربط؛

۱۳. پيگيري مصوبات شورا و نظارت بر حسن اجراي آن؛

۱۴. ساماندهي و مديريت قوانين و مقررات مصوب شورا؛

۱۵. تنظيم دستور جلسات، مذاكرات و مصوبات شورا؛

۱۶. طراحي سيستم نظارت، ارزيابي وبازرسي شوراي ‌عالي واجراي آن؛

۱۷. تشكيل و مديريت برگزاري كميسيون‌ها و كارگروه‌هاي تخصصي دبيرخانه.